Документы, помещенные в справочник Карточки документов, хранятся в базе данных 1С: Предприятия - на сервере или в файле базы, в зависимости от варианта базы (файловый или серверный).

Документы, создаваемые по шаблонам, хранятся в справочнике целиком, в том числе хранятся и имена полей, а не только из значения.